Sinner nie przeszedł dwóch testów antydopingowych w marcu, ale został oczyszczony z zarzutów i pozwolono mu grać dalej.
Jednak Światowa Agencja Antydopingowa (WADA) poinformowała w sobotę, że złożyła apelację i domaga się kary do dwóch lat zawieszenia Włocha.
Djokovic powiedział wcześniej, że "rozumie odczucia wielu graczy", którzy kwestionują, że to ranga Sinnera chroniła go przed karą.
W środę, przemawiając na konferencji prasowej podczas Shanghai Masters, były numer jeden na świecie przyznał, że musi to być "bardzo trudne" dla Włocha.
"Myślę, że to dość oczywiste, że mamy system, który nie działa dobrze... Jest zbyt wiele niespójności, zaangażowanych jest zbyt wiele organów zarządzających, a cała ta sprawa wcale nie pomaga naszemu sportowi" - powiedział 37-latek.
"Cokolwiek się z tą sprawą stanie chciałbym, aby zostało to rozwiązane tak szybko, jak to możliwe".
Władze tenisowe zaakceptowały wyjaśnienie Sinnera, że śladowe ilości sterydu nieumyślnie dostały się do jego organizmu od fizjoterapeuty, który użył sprayu zawierającego go do leczenia skaleczenia, a następnie zapewnił zawodnikowi masaż i terapię sportową.
Apelacja WADA ponownie ożywiła sprawę, a Sinner powiedział, że miał bezsenne noce nad tą kwestią.
23-latek przebrnął przez kontrowersje, aby wygrać US Open, a także awansował do finału China Open, mierząc się z Carlosem Alcarazem.
"To imponujące, co (Sinner) robi w całym procesie tego, co się dzieje, że gra na tak wysokim poziomie" - powiedział Djokovic.
Zarówno Sinner, jak i Alcaraz udadzą się do Szanghaju na turniej Masters, gdzie wraz z Djokovicem są jednymi z faworytów.
Serb dąży do zdobycia setnego tytułu w singlu - co, jak powiedział, jest "dodatkową motywacją" - ale przyznał, że ma "trochę do nadrobienia", ponieważ ostatnio nie grał w wielu turniejach.
"Mam nadzieję, że uda mi się w pewien sposób wykorzystać tę świeżość, a także wcześniejsze doświadczenia i sukcesy, które odniosłem" - powiedział.
Djokovic jest czterokrotnym mistrzem Szanghaju, ale nie grał tam od pięciu lat.
Zapytany, w czym tkwi sekret jego wcześniejszych sukcesów, zaśmiał się: "Uwielbiam pierogi i język chiński, myślę, że to pomaga!".